Nel 1805, la penisola italiana fu governata da Eugenio di Beauharnais, figliastro di Napoleone, in qualità di viceré, che si insediò nel vicino Palazzo del Quirinale.

Trasformò il convento di San Carlino nella caserma dell'esercito imperiale e la chiesa nelle sue scuderie. Si trattò di un tragico episodio storico di svalutazione dell'arte e di profanazione del sacro.

Il 20 settembre 1870, le truppe d'assalto dell'esercito garibaldino della riunificazione irruppero a Roma, sfondando le mura aureliane presso Porta Pia.

I bersaglieri conquistano Roma passando davanti a San Carlino. Papa Pio IX si rifugiò dietro le mura leonine che circondavano il Vaticano e si dichiarò prigioniero al suo interno. La situazione durò fino alla firma dei Patti Lateranensi, l'11 febbraio 1929, che resero possibile la creazione dello Stato sovrano della Città del Vaticano.

Durante la Seconda Guerra Mondiale (1939-1945), Papa Pio XII esortò gli ordini religiosi e il clero di Roma a ospitare e nascondere gli ebrei nei loro conventi e in altri edifici religiosi, per proteggerli dal genocidio nazista; Egli stesso li ospitò in Vaticano e nel palazzo di Castelgandolfo.

Seguendo i dettami del Papa, San Carlino ospitò al suo interno una famiglia ebrea. La pericolosità della situazione era aggravata dal fatto che l'edificio di fronte al convento era la residenza di alti ufficiali dell'esercito tedesco.

Così, San Carlo alle Quattro Fontane, come molti altri conventi e residenze del clero a Roma, ha potuto avere il suo albero nel Giardino dei Giusti delle Nazioni a Gerusalemme.

Attualmente, il rapporto tra la comunità trinitaria di San Carlino e lo Stato italiano è principalmente di natura culturale, al fine di conservare e valorizzare tutto il suo patrimonio artistico. Questo rapporto è principalmente con la Soprintendenza per i Beni Artistici e Culturali, un'istituzione che si occupa di San Carlino da diversi decenni e che ha trovato nella comunità trinitaria dei collaboratori che hanno cercato di essere all'altezza della loro responsabilità di proprietari di tesori artistici così illustri.