Da un lato, San Carlino sorge sulla sommità del Quirinale, uno dei sette colli su cui sorgeva l'antica Roma, e prende il nome da quattro artistiche fontane costruite nello stesso luogo nel XVI secolo.

Nel XVI secolo, Papa Sisto V volle facilitare l'orientamento dei pellegrini a Roma e, per questo motivo, tracciò nella zona delle strade dritte e perpendicolari, al termine delle quali collocò gli antichi obelischi portati dai Romani dall'Egitto: l'obelisco accanto all'abside della Basilica di Santa Maria Maggiore. l'obelisco sulla scalinata di Piazza di Spagna, l'obelisco davanti al Palazzo del Quirinale e, infine, Porta Pia, che è uno degli antichi ingressi alla città attraverso le mura aureliane e dove lavorò Michelangelo.

Per completare l'opera, il Papa ordinò l'erezione di quattro fontane artistiche all'incrocio di queste strade, una fontana per ogni angolo.

Questa posizione tra le quattro fontane conferisce il nome alla chiesa e la distingue dagli altri edifici sacri successivi, anch'essi dedicati a San Carlo Borromeo a Roma.

San Carlino si trova a pochi metri dal Palazzo del Quirinale. Papa Gregorio XIII fece erigere questo magnifico edificio nel XVI secolo come residenza estiva papale.

Tuttavia, con la riunificazione e la conquista di Roma nel 1870, divenne la sede dello Stato italiano: inizialmente, quando governava la monarchia, era il Palazzo Reale. In seguito, dopo la proclamazione della Repubblica nel 1946, fu la residenza del Presidente della Repubblica Italiana, funzione che ricopre ancora oggi.