Uno dei grandi tesori di San Carlino è la sua storica biblioteca. Fu progettata e costruita come parte integrante del convento dallo stesso Francesco Borromini tra il 1635 e il 1641. L'autore la concepì come un'area spaziosa, ben illuminata, tranquilla e confortevole, e la disegnò come uno spazio quadrangolare di 18,30 x 5 metri.

Negli anni Settanta del XVI secolo, Bernardo, nipote di Francesco Borromini, che continuò i lavori a San Carlino dopo la morte dello zio, dimezzò l'altezza delle finestre della biblioteca e trasformò in porta la finestra centrale che conduceva alla cupola e al campanile.

Nel 1897 fu necessario ampliare gli scaffali fino a coprire le pareti laterali, per far posto alla grande collezione di libri donata dal canonico spagnolo José de Benavides.

A metà del XIX secolo un bassorilievo in gesso dello scultore Aniceto Marinas, commissionato dall'archeologo Giovanni Battista Rossi, raffigura la visita di Papa Pio IX alle catacombe di San Callisto, da lui scoperte. Probabilmente si tratta di una donazione dello stesso José de Benavides.

A partire dal 1986, l'Ufficio Italiano dei Cambi, parte della Banca d'Italia, in collaborazione con il Ministero per i Beni Culturali e Ambientali, ha apportato una serie di miglioramenti alla biblioteca, tra cui il miglioramento dell'impermeabilizzazione del tetto, il ripristino del soffitto e del pavimento originali, la disinfezione dei mobili e dei libri, le misure antincendio e di sicurezza e il rinnovo dell'impianto elettrico.

Alla fine degli anni '90, Juan María Montijano, professore di Storia dell'Arte all'Università di Malaga e grande conoscitore dell'architettura rinascimentale e barocca italiana, scoprendo le meraviglie di San Carlino e, in particolare, l'enorme potenziale della sua biblioteca, si dedicò con vera passione e generosità al suo restauro. Inizialmente si è dedicato da solo e altruisticamente alla conservazione della biblioteca, avviando il processo di catalogazione del suo contenuto bibliografico.

Nel 2012, il professore Montijano ha promosso la firma di un accordo tra la comunità trinitaria di San Carlino e l'Università di Malaga, in collaborazione con altri enti culturali, per la catalogazione della collezione bibliografica da parte di borsisti delle Facoltà di Storia dell'Arte, Storia, Belle Arti e Architettura dell'Università.

Questi studenti, ospitati dalla comunità religiosa, hanno svolto questo lavoro durante l'estate, con vera cura e affetto, e sotto la direzione professionale e attenta del suddetto professore. La catalogazione è stata completata nel 2015.

Durante questo periodo hanno inventariato più di 13.000 volumi, scritti in 16 lingue diverse, prevalentemente in latino, italiano e spagnolo.






Le opere in questione sono così datate: - otto incunaboli, - 786 libri del XVI secolo, - 2.962 del XVII secolo, - 3.722 del XVIII secolo, - 4.921 del XIX secolo, - 250 libri eccezionali del XX secolo; - vari manoscritti.

La maggior parte dei libri sono di natura filosofica e teologica, o su diverse discipline umanistiche (arte, geografia, storia...). Oltre agli otto incunaboli, i tesori bibliografici comprendono una Bibbia poliglotta dell'inizio del XVI secolo e una copia della prima edizione illustrata del Don Chisciotte, oltre a diversi libri la cui unica copia conservata è quella di questa biblioteca.

Nel processo di catalogazione è stato utilizzato un programma informatico che consente ai ricercatori di tutto il mondo di consultarli. Sono state inoltre scansionate diverse opere di particolare valore, tra cui il Libro de fábrica de San Carlino.